就学事務は多くの場合、実務的には住民基本台帳を基に作成された学齢簿によって処理するため、本来なら義務教育の対象者である学齢期の在日日本人であっても、住民票がなかったり、住所とかけ離れた場所にあったりする場合は、制度の想定外となってしまう。その場合には個別対応としている。なお、例外的に住民登録がない場合でも学齢簿に載せることは可能である。
典型的な例は、親が債権者や暴力を振るう元家族から隠れている場合、出生届を出されていない子どもの場合などである。
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非日本国籍者や学齢超過者などが私立学校へ任意就学する場合などは、学齢簿も公立学校も関係ないので、自治体はあまり関係することがない。ただし、届出書類のやり取り程度はある。
「就学指定校」とは、義務教育の対象者が就学するにあたって、教育委員会が入学先と指定する学校のことである。保護者により、実際に就学する学校を変更できる場合がある。この指定が定期的に行なわれる時期は下記の通り2回ある。
就学指定校になりえるのは公立の義務教育諸学校のみである。また入学者選抜のある公立中学校・中等教育学校は指定校にはならない（公立の連携型一貫校は無選抜なのでなりえる）。